Uganda menjadi tuan rumah kepada universiti tertua di Timur Tengah dan Afrika, yang Makerere Universiti. Universiti ini telah menjadi pusat kecemerlangan akademik selama beberapa dekad untuk bukan sahaja Ugandans pelajar tetapi juga pelajar-pelajar lain di rantau ini. Uganda mempunyai lebih 30 universiti awam.